魷魚的營養價值極高，蛋白質含量達16%~20%，脂肪含量極低，只有1%不到。因此，熱量亦低。對怕胖的人來說，吃魷魚是一種好的選擇。而魷魚的脂肪裡含有大量的高度不飽和脂肪酸如EPA、DHA，加上肉中所含的高量牛磺酸，都可有效減少血管壁內所累積的膽固醇，對於預防血管硬化、膽結石的形成都頗具效力。同時能補充腦力、預防老年痴呆症等。因此對容易罹患心血管方面疾病的中、老年人來說，魷魚更是有益健康的食物。
有說法是魷魚含有很高的膽固醇，但根據科學分析，這些膽固醇幾乎完全存在於魷魚的內臟裡。而一般吃魷魚都是已先將內臟除去，因此食用魷魚不必顧慮膽固醇過高。此外，魷魚肉中還含有礦物質，如鈣、磷及維生素B1等，都是維持人體健康所必需的營養成分。
曾有報告指出，魷魚含有致癌物質，由於這項研究是以魷魚乾在25ºC，浸泡時24後取浸泡液，內中含有2000ppm以上之三甲基胺及650ppm之二甲基胺，或以自製魷魚乾在200ºC下加熱1小時，魷魚體內90％之氧化三甲基胺變成三甲基胺，再與亞硝酸鈉作用，產生有致癌性的物質。但該研究中發現的細菌，並非魷魚自海水中帶來的，而是在處理中再污染的。實驗條件並非日常使魷魚乾復水或調理的條件；再者，一般生鮮魚蝦，包括魷魚在內，當揮發性鹽基態氮(含氨及胺類)超過25ppm或三甲基胺超過5ppm即為腐敗而不食用，故生鮮魷魚減少其細菌污染，及以低溫浸泡縮短魷魚乾復水的時間，並無形成致癌性物質的可能。
